Флора парка насчитывает более 600 видов сосудистых растений, десятки видов мхов и лишайников. Большинство из них являются достаточно обычными  на территории парка, более 70 – редкими и нуждаются в охране. Главную роль в ландшафтах резервата играют древесные породы: ель сибирская, пихта, кедр, лиственница, берёзы – пушистая, повислая и извилистая, реже встречаются сосна и осина.

 В южной части национального парка можно найти в лесах небольшие деревца рябины и черёмухи. В долинах рек нередко встречаются заросли древовидных ив: шерститопобеговой, корзиночной, грушанколистной, реже – козьей. На заболоченных и приречных участках непроходимые «джунгли» образуют кустарниковые ивы: филиколистная, копьевидная, лапландская и серая, а также карликовая берёзка и ольха кустарниковая (душекия). В пору цветения на опушках и бечевниках, в нижних частях речных склонов очень нарядны кустарники – спирея средняя, курильский чай, шиповники, жимолость Палласа.

Характерной чертой растительного покрова парка является разнообразие кустарничков. Обычными в напочвенном покрове лесных и горно-тундровых сообществ являются черника, брусника, голубика и вороника. На каменистых обнажениях лесного пояса и выше растут трава куропаточья, толокнянка альпийская, гариманелла, диапенсия и кустарничковые ивы.

Деревья, кустарники и кустарнички составляют немногим более 10 процентов всей флоры резервата, но именно эти группы растений играют главную роль в образовании равнинных и горных ландшафтов. Наибольшим разнообразием в флоре парка отличаются травы, но площади травяных сообществ невелики. Основу травостоя пойменных и горно-тундровых лугов составляют злаки – вейники, канареечник, лисохвост луговой, костёр безостый. На мелкотравных полянах и луговинах сплошной покров образуют овсяницы, мятлики и душистый колосок. Особенно живописны в разгар лета бечевники и скалы, где наряду с обычными колокольчиком круглолистным, незабудками болотной и азиатской и лютиками, встречаются десятки редких видов, таких как тимьян Талиева, пион, ветреница пермская и другие травы.

Совершенно иной вид имеют горные луговины. Около поздно тающих снежников растительный покров образуют низкорослые травы, стебли и цветы которых почти прижаты к земле – осока гиперборейская, ситники, ожики, щучка арктическая, мятлики, овсяницы, а  на  их  фоне – соцветия камнеломок, оксирии, стебельки мелких лютиков, сиббальдии и других высокогорных трав. На приснежных луговинах растения начинают цвести не раньше начала августа и часто уходят под снег, не завершив цветение.

Флора территории характеризуется значительным разнообразием редких и нуждающихся в защите растений. Особый интерес представляют эндемичные виды. К эндемикам относят тимьян Талиева, ветреница пермская, качим уральский, лён северный и другие. Всего более 10 видов. Они встречаются в долинах рек Щугор, Подчерем, Кожим и Сыня на скалистых обнажениях, осыпях, бечевниках и горных луговинах.

На протяжении четвертичной эпохи происходило неоднократное изменение климата, которое, в свою очередь, приводило к изменению растительного  покрова. Теплолюбивые широколиственные леса сменяли хвойные леса, а их, в свою очередь,  - тундры с холодолюбивыми степными травами. В современной флоре национального парка сохранились остатки флоры тёплых и холодных периодов – реликтовые виды растений: звездчатка ланцетная, осока пальчатая, бурачок сибирский, курильский чай, ветреница лесная и десятки других.

Более 70 видов эндемичных, реликтовых и редких растений национального парка относятся к охраняемым в республике или предлагаются для охраны на её территории.  В  Международную  Красную  книгу включён лишь один вид – венерин башмачок настоящий. Встречается он в небольшом количестве по реке Сыне на скалах Богатырь-щелье, в бассейне реки Кожим по ручью Саледы-шор и реке Таврота. В Красную книгу России включены два вида – кастиллея арктическая и пальчатокоренник Траунштейнера.

Наиболее богаты редкими видами скальные комплексы в северной части парка – в бассейне реки Кожим. Здесь обнаружены редчайшие по всей Европе новотулярия приземистая, желтушник Палласа, астрагал Городкова, осоки морская, Краузе и Вильямса. Обилие редких видов замечено около пос.Орлиный, по рекам Лимбеко-ю, Сана-вож, Балбан-ю и Пелиничой. В отрогах хребта Малдынырд растут кастиллея арктическая, лук гусиный ненецкий, мак лапландский, новосиверсия ледяная и паррия.

Украшением ландшафтов является растительность кожимских бечевников, где ярко цветёт тимьян, северный лён, пион, ветреница пермская, копеечники, астрагалы и ценное лекарственное растение – родиола розовая (золотой корень).  В расщелинах скал находят приют горные папоротники: вудсии, криптограммы и пузырники. Редкие растения встречаются на всём протяжении долины Кожима. Так, в устье речки Дурной и возле железнодорожного моста растут пион, куропаточья трава, дремлик тёмнокрасный, курильский чай, тимьян и другие виды.

На реке Щугор наиболее интересные находки ботаников относятся к Верхним, Средним и Нижним воротам. Особенно много здесь горных папоротничков. Из эндемичных встречаются качим уральский, ветреница пермская и чрезвычайно редкие виды – жабник густоцветковый, бурачок сибирский, шиверекия Кузнецова и многорядник копьевидный. Только на Щугоре найдено паразитическое, лишённое зелёной окраски, растение – бошнякия русская, присасывающаяся к корням кустарников. Более южное положение долины Щугора, её интенсивное освоение и посещение людьми привело к появлению здесь обычных луговых видов: ползучего, лугового и среднего клеверов, которые на Кожиме отсутствовали. Отмечены местонахождения таких редких видов, как башмачок пятнистый и родиола розовая.

Флора бассейна реки Подчерем, протекающей в южной части парка, изучена ещё недостаточно. Интересные находки сделаны ботаниками в урочищах Кирпич-кырта и Квайт-паруса: на облесенных известковых скалах найдены эндемичные виды (пырей отогнутоостый, тимьян Талиева, ветреница пермская) и очень редкие на Урале лук торчащий, дендрантема Завадского, бурачок сибирский и астра альпийская. Сухие нагретые солнцем скалы с несомкнутым покровом редких видов трав, среди которых отмечены и реликтовые, похожи на участки древних каменистых степей. На одном из участков реки Подчерем на галечнике встретились ажурные листья и жёлтые соцветия ещё одного эндемика – лядвенца печорского. Ниже по течению, среди мхов и лишайников, на скалах растут горные папоротники, башмачок пятнистый и дремлик тёмнокрасный. По самому берегу отмечен золотой корень.

На реке Сыне редкие виды находят на склонах хребта горы Сабля и скалах Богатырь-щелье. Среди них эндемичные растения – ветреница пермская, тимьян Талиева и лён северный. Из редких – арника Ильина, дремлик тёмнокрасный, башмачок пятнистый, криптограмма Стеллера и два вида из Красной книги России: башмачок венерин настоящий и пальчатокоренник Траунштейнера.

Растительный покров национального парка «Югыд-Ва» имеет сложную организацию. Он несёт черты зональности, обусловленные большой протяжённостью с севера на юг. Кроме того, определяющее влияние на облик растительности оказывают меридиональные горные цепи Урала. Согласно принятому сегодня районированию большая часть природного парка относится к Урало-Западносибирской провинции. Тёмнохвойные и смешанные лиственно-тёмнохвойные леса равнинной ландшафтной зоны входят в состав Североевропейской провинции. Основные типы растительности – леса равнинных пространств, предгорий и склонов Уральских гор, а также горные тундры.

Площадь, покрытая лесами, составляет 56 процентов территории парка.  Древостои горных лесов состоят из пород, типичных для сибирской полидоминантной тайги – ели сибирской, лиственницы сибирской, пихты сибирской и сосны  сибирской (кедра). Из лиственных пород наиболее обычным компонентом древесного яруса является берёза. На равнинных участках распространена берёза пушистая, в горах на смену ей приходит берёза извилистая. Преобладающей породой в большинстве лесных ландшафтов является ель сибирская. В горных лесах южной части парка (бассейн реки Щугор), относящимся к переходной полосе между северной и средней подзонами тайги, значительную роль в формировании древостоев играют пихта и кедр. По мере продвижения к северу доля этих пород в насаждениях начинает постепенно снижаться, вплоть до полного исчезновения. На смену им приходит лиственница. Севернее 64-й параллели лиственница образует горные леса и редколесья, выходит на верхнюю границу леса по хребтам Саледы, Обе, Малды и массива Сабли.

Отличительной особенностью лесов является разреженность их древостоев. Низкая сомкнутость крон определяет мозаичность строения нижних ярусов леса. Видовой состав травяно-кустарничкового яруса беден. Господствуют кустарнички, распостранённые преимущественно в северных широтах – черника, голубика, багульник, вороника. Из травянистых растений наиболее обычны авенелла, осока шаровидная и хвощ лесной. Моховой покров мощно развитый и состоит обычно из зелёных мхов. На участках с повышенным увлажнением ведущую роль в формировании напочвенного покрова начинают играть сфагновые мхи, на дренированных местообитаниях среди зелёного ковра мхов появляются пятна лишайников. Подлесок  обычно  выражен  слабо,   представлен отдельными невысокими кустами рябины можжевельника, реже – ольховника и карликовой берёзки.

Равнинная ландшафтная зона изобилует низменными участками. Здесь, в условиях повышенного увлажнения, нередко имеющего застойный характер, развиваются преимущественно подзолисто-глеевые и торфяные болотные почвы. В растительном покрове преобладают заболоченные еловые и берёзо-еловые долгомошные и сфагновые леса. Избыточное увлажнение на фоне сурового климата сдерживает нормальное развитие древостоев. Сомкнутость крон не превышает 0,4-0,5, запас древесины на гектаре незначителен.

На плоских и слабо пониженных участках водоразделов, а также в неглубоких понижениях рельефа формируются леса долгомошного типа, в напочвенном покрове которых преобладает кукушкин лён и довольно значительна примесь зелёных (плевроциум Шребера, хилокомиум блестящий) и сфагновых (сфагнум русский) мхов. В травяно-кустарничковом ярусе наиболее характерными являются хвощ лесной (в местообитаниях с увлажнением проточного типа) и осока шаровидная (на участках с застойным увлажнением). Постоянными в покрове лесов этого типа являются черника, брусника и морошка.

Заболоченные водораздельнве пространства с застойным характером увлажнения и торфяными почвами занимают сфагновые леса. Древостои угнетённые, с небольшим запасом на гектаре. Микрорельеф сфагновых лесов неоднородный, что, в свою очередь, обуславливает неоднородность травяно-кустарничкового яруса. Кустарнички (брусника и черника) – малообильны и растут только на кочках. В мочажинах обычны травянистые растения – хвощ лесной, морошка и осока шаровидная. Мощный моховой покров слагают сфагнумы Гиргензона, Варнсторфа, узколистный, балтийский и русский. В зависимости от обилия того или иного вида растений, подразделяют осоко-сфагновые, хвощёво - сфагновые, морошко-сфагновые и осоко - морошко - сфагновые леса. Наиболее широко распостранены хвощёво-сфагновые и осоко - сфагновые насаждения.

Довольно обычны и кустарничково-сфагновые леса, в покрове которых ведущую роль играют голубика, багульник и в меньшей степени водяника. В некоторых сообществах развит кустарниковый ярус, образованный карликовой берёзкой с примесью филиколистной и лапландской. Изредка на заболоченных водоразделах Печорской низменности встречаются кустарничково-сфагновые и травяно-сфагновые кедровники.

В предгорной ландшафтной зоне в нижних частях склонов гор преобладают кедрово-еловые с берёзой долгомошные и сфагновые леса северотаёжного типа. По вырубкам и гарям на месте коренных типов леса  формируются березняки. Благодаря возвышенному характеру рельефа, лесные сообщества заболочены в меньшей степени. Наиболее характерны для данной территории зелёномошные и лишайниково-зелёномошные черничные леса, которые приурочены к пармам, склонам речных долин, а также к нижней части склонов Урала. Среди трав и кустарничков в лесах этого типа господствует черника. В различных экологических условиях заметного изобилия могут достигать и другие виды растений. На более сухих и бедных почвах увеличивается доля брусники. В переувлажнённых местообитаниях разрастается хвощ лесной, а при худшей аэрации почв – осока шаровидная. К северу в покрове лесных сообществ увеличивается доля водяники, а в южной части парта – папоротничка Линнея, кислицы и одноцветки.  В покрове горных лесов отмечено значительное участие авенеллы извилистой.

Кроме лесов-черничников, обычными являются зелёномошные голубичники. В насаждениях этого типа среди мощно мощно развитого покрова зелёных мхов всё чаще попадаются пятна кукушкиного льна, появляются латки сфагнума. В травяно-кустарничковом ярусе абсолютно преобладает голубика. Незначительную примесь образуют осока шаровидная, хвощ лесной и авенелла извилистая.

В слабодренированных местообитаниях (на пологих склонах и выровненных вершинах парм) развиваются кедрово-еловые с берёзой долгомошные леса. Пихта, не переносящая условий избыточного увлажнения, в насаждениях этого типа выпадает. Над пышным ковром кукушкиного льна с пятнами сфагновых мхов  царствуют  всё   те  же черника  и  голубика. В их покров вкраплены другие виды кустарничков (водяника, багульник, кассандра) и немногочисленные травянистые растения (морошка, хвощ лесной).

Заболоченность предгорной ландшафтной зоны в целом заметно ниже, чем равнинной, однако на плохо дренированных пространствах водоразделов, по окраинам болот распространены заболоченные сфагновые тёмнохвойные леса. По составу и сложению насаждения мало отличаются от равнинных лесов.

К редким растительным сообществам, встречающимся на территории природного парка, относятся кедровники. Насаждения, в которых по составу и количеству стволов преобладает кедр сибирский, распространены преимущественно в бассейне реки Щугор. В верхнем течении реки – по склонам Овинпармы и Уутыпармы, в среднем – в районе Средних ворот, а также по окраинам болот на водоразделе рек Печоры и Большого Патока. Наиболее распространенный тип леса – кедровник черничный.

Пихта образует обычную примесь в насаждениях тёмнохвойной тайги наряду с кедром. Древостои с преобладанием этой породы редки, приурочены к долинам рек и нижней части горных склонов. Пихтарники преимущественно спелые. В долинах обычными являются черничные, папоротничковые и травянистые пихтовые леса. На водораздельных пространствах распространены черничные и долгомошные пихтарники.

В  северной  части  национального парка   (бассейны рек Большая Сыня и Кожим) основной лесообразующей породой  в нижних частях склонов Урала наряду с елью становится лиственница сибирская. В горно-лесном поясе широко распространены кустарничково-зелёномошные и кустарничково-травянистые редстойные лиственничники. В поймах горных рек и по ложбинам  стока – крупнотравные, на пологих склонах коренных берегов речных долин – злако-разнотравные лиственничные редколесья и редины.

С подъёмом на Урал всё отчётливее проявляется вертикальная поясность растительного покрова. Кроме лесного пояса, можно выделить ещё два основных пояса растительности – подгольцовый и гольцовый. С высотой полог лесов изреживается, появляются угнетённые и суховершинные деревья. Редкостойные горные леса постепенно сменяются редколесьями, чередующимися с участками горных тундр. Верхняя граница лесов в южной части парка проходит на уровне 700 метров над уровнем моря, а на Приполярном Урале спускается до 400-200 метров. Следует, однако, указать, что отметки границы леса могут значительно меняться в зависимости от крутизны и экспозиции склонов, особенностей геоморфологического строения, а также исторических причин. Продвижение лесной растительности в горы может сдерживаться наличием значительных по площади каменистых россыпей (склоны Тимаиз, вершины Овинпармы) или скоплением больших масс снега (восточные склоны гор Уута и Хальмер-Сам).на верхнюю границу леса в пределах Северного Урала выходят ель, пихта, кедр и берёза, на Приполярном Урале – ель, лиственница и берёза.

Выше границы леса распространены группировки кустарников – ивы, карликовой берёзки, можжевельника и ольховника. Группировки можжевельника более характерны для южной части парка, ивняки широко распространены на Приполярном Урале и по ложбинам стока. Участки редколесий и кустарников могут чередоваться с горными лугами.

Чем ближе к вершинам Урала, тем суровее условия для жизни растений. Всё большие площади занимают тундровые группировки. Наиболее приспособлены к суровым условиям гольцового пояса споровые растения. Самые обычные и обильные среди них лишайники родов кладина, кладония, цетрария, алектория, мхи политрихум, а также плевроциум Шребера, хилокомиум блестящий пиренейский. На дренированных участках к лишайникам обычно примешиваются мхи рода радомитриум, а на участках с повышенным увлажнением зелёные мхи сменяются сфагновыми. Среди семенных растений наиболее типичны кустарнички – багульник, голубика, черника и брусника. Вместе с кустарничками встречаются карликовые ивы (ива сетчатая, монетолиственная и полярная) и карликовая берёзка. Травянистые растения немногочисленны, преобладают виды, тяготеющие к северным широтам (горец змеиный, лаготис малый, осоко арктосибирская, крестовник арктический и др.). Несмотря на относительно небольшое видовое разнообразие флоры горных тундр, здесь встречаются редкие растения, характерные только для высокогорий – филлодоце, диапенсия, луазерия и гарименелла моховидная.