Территория парка располагается в регионе с резко континентальным климатом, который характеризуется коротким прохладным летом и  продолжительной зимой. Многолетние средние температуры составляют для самого тёплого месяца (июля) +13-15 град. Цельсия, самого холодного (января) – минус 16-19 град Цельсия. Среднегодовая норма осадков – 750 мм. Из-за низкой скорости испарения влажность избыточная.

Основные ландшафтные зоны парка (равнинная, предгорная и горная) являются контрастными по геоморфологическому строению, климатическим условиям и, как следствие, характеризуются различным почвенным и растительным покровом. Отличительная особенность ландшафтов парка – наличие вертикальной (высотной) поясности. Почвенный покров характеризуется большой пестротой, что в основном связано с особенностями геоморфологического строения региона. В гольцовом поясе развиты щебенчатые почвы; в горно-тундровом – горно-тундровые подзолистые, горно-тундровые слабо дифференцированные, горно-тундровые торфяно-глеевые; в горно-лесном – горно-лесные слабо дифференцированные, горно-лесные подзолистые, горно-лесные торфянисто-дерновые, горно-болотные. В поясе предгорных лесов – подзолистые, поверхностно-глеевые, лесные торфянисто-дерновые, болотные верховые и низинные. В поймах рек развиты аллювиальные почвы.